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国家级重点学科

一级学科博士学位授予点

“双一流”建设学科

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师资队伍
Faculty and staff

邓禹

邓禹

职称:教授、博士生导师

学历/学位:研究生/博士

电话:13665117395

电子邮箱:dengyu@jiangnan.edu.cn

简介

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长期从事发酵工程,代谢工程,合成生物学,工业微生物等领域的研究,主要承担《细胞生物学》等课程的讲授工作。近年来在Nucleic Acids Research, ACS Catalysis, Chemical Engineering Journal 等行业主流国际期刊发表SCI论文100余篇,申请发明专利70余项,其中授权36项;主持包括国家重点研发计划、国家自然基金等在内的国家及省部级科研项目10余项;国家神农青年英才、江苏省杰出青年基金获得者、江苏特聘教授、江苏省“双创人才”、江苏双创团队负责人、无锡市优秀教育工作者。

学习工作经历

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工作经历

2015.1-现在:江南大学粮食发酵工艺与食品生物制造国家工程研究中心,教授,博士生导师,绿色与合成生物制造研究团队负责人;

 

2013.8-2014.12:助理教授(Assistant Professor, 生物与农业工程系(Department of Biological and Agricultural Engineering), 美国堪萨斯州立大学(Kansas State University)

 

2011.5- 2013.6:博士后研究员(Postdoctoral Research Associate),Thayer工乐于官网网页(Thayer School of Engineering),美国达特茅斯乐于官网网页(Dartmouth College)。

 

学习经历

2007.8-2011.5:美国弗吉尼亚联邦大学(Virginia Commonwealth University),化学与生命科学工程专业(Chemical and Life Science Engineering),工学博士导师:Dr. Stephen S. Fong, 教授;

 

2005.9-2007.6:江南大学,生物工程乐于官网网页, 发酵工程专业, 工学硕士,导师:陈坚,教授;

 

2001.9-2005.6:江南大学,生物工程专业,工学学士。


主要成果

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一、论文(论著)发表情况

部分代表性论文如下:


  1. Lixia Liu, Shenghu Zhou, and Yu Deng*. Rational design of the sucstrate tunnel of β-ketothiolase reveals a local cationic domain modulated rule that improves the efficiency of claisen condensation. 2023,13,8183-8194.(IF=13.7)

  2. Li Wang, Guohui Li, Aitao Li*, and Yu Deng*. Directed synthesis of biobased 1,6-diaminohexane from adipic acid by rational regulation of a functional enzyme cascade in Escherichia coli. ACS Sustainable Chemistry & Engineering. 2023, 11, 15, 6011-6020. https://doi.org/acssuschemeng.3c00275. (IF=9.2)

  3. Shenghu Zhou, Nana Ding, Runhua Han, Yu Deng*. Metabolic engineering and fermentation optimization strategies for producing organic acids of the tricarboxylic acid cycle by microbial cell factories. Bioresource Technology. 2023, 379:128986. https://doi.org/10.1016/j.biortech.2023.128986. (IF=11.9)

  4. Meng jia Wu, Junhua Di, Lei Gong, Yu-Cai He, Cuiluan Ma, Yu Deng*. Enhanced adipic acid production from sugarcane bagasse by a rapid room temperature pretreatment. Chemical Engineering Journal, 2023, 452:139320. https://doi.org/10.1016/j.cej.2022.139320. (IF=16.744)

  5. Nana Ding, Guangkun Zhang, LinPei Zhang, Ziyun Shen, Lianghong Yin, Shenghu Zhou, Yu Deng*. Engineering an AI-based forward-reverse platform for the design of cross-ribosome binding sites of a transcription factor biosensor. Computational and Structural Biotechnology Journal. 2023, 21:2929-2939. https://doi.org/10.1016/j.csbj.2023.04.026. (IF=6.16)

  6. Yize Jia, Chao Huang, Yin Mao, Shenghu Zhou and Yu Deng*. Screening and Constructing a Library of Promoter-5-UTR Complexes with Gradient Strength in Pediococcus acidilactici. ACS Synthetic Biology. 2023. https://doi.org/10.1021/acssynbio.3c00067. (IF=5.25)

  7. Yunying Zhao, Fangyu Zuo, Quanxian Shu, Xiaoyan Yang, Yu Deng*. Efficient Production of Glucaric Acid by Engineered Saccharomyces cerevisiae. Appl Environ Microbiol. 2023, 22:e0053523. https://doi.org/10.1128/aem.00535-23. (IF=5.0)

  8. Shiyun Li, Wenxuan Fu, Ruifang Su, Yunying Zhao, Yu Deng*. Metabolic engineering of the malonyl-CoA pathway to efficiently produce malonate in Saccharomyces cerevisiae. Metabolic Engineering. 2022 Sep;73:1-10. doi: 10.1016/j.ymben.2022.05.007. (IF=8.829)

  9. Shenghu Zhou, Hal S Alper, Jingwen Zhou, Yu Deng*. Intracellular biosensor-based dynamic regulation to manipulate gene expression at the spatiotemporal level. Critical Reviews in Biotechnology. 2022 Apr 21;1-18. doi: 10.1080/07388551.2022.2040415. (IF=9.062)

  10. Shiyun Li, Lizhou Ma, Wenxuan Fu, Ruifang Su, Yunying Zhao, Yu Deng*. A programmable synthetic upstream activating sequence library for fine-tuning gene expression levels in Saccharomyces cerevisiae. ACS synthetic Biology. 2022, 18;11(3):1228-1239. (IF=5.249).

  11. Mei Zhao, Zhenqi Yuan, Longtao Wu, Shenghu Zhou, Yu Deng*. Precise prediction of promoter strength based on a de novo synthetic promoter library coupled with machine learning. ACS synthetic Biology. 2022, 11(1):92-102. (IF=5.249).

  12. Shenghu Zhou, ShuoFu Yuan, Priya H. Nair, Hal S. Alper, Yu Deng*, Jingwen Zhou*. Development of a growth coupled and multi-layered dynamic regulation network balancing malonyl-CoA node to enhance (2S)-naringenin biosynthesis in Escherichia coli. Metabolic Engineering. 2021, 67:41-52. (IF=8.829).

  13. Yunying Zhao, Shiyun Li, Jing Wang, Yingli Liu, Yu Deng*. Roles of high osmolarity glycerol and cell wall integrity pathways in cadmium toxicity in Saccharomyces cerevisiae. International Journal of Molecular Sciences. 2021, 22(12):6169. (IF=6.208).

  14. Nana Ding, Shenghu Zhou, Yu Deng*. Transcription factor-based biosensor engineering for applications in synthetic biology. ACS synthetic Biology. 2021, 10(5):911-922. (IF=5.249).

  15. Shumin Xu, Linpei Zhang, Shenghu Zhou, Yu Deng*. (2021) Biosensor-based multi-genetic pathway optimization for enhancing the production of glycolate. Applied and Environmental Microbiology. 2021, 87(12):e0011321. (IF=5.005)

  16. Tingting Hao, Guohui Li, Shenghu Zhou*, Yu Deng*. Engineering the reductive TCA pathway to dynamically regulate the biosynthesis of adipic acid in Escherichia coli. ACS Synthetic Biology. 2021, 10(3):632-639. (IF=5.249)

  17. Nana Ding, Zhenqi Yuan, Xiaojuan Zhang, Jing Chen, Shenghu Zhou, Yu Deng*. Programmable cross-ribosome-binding sites to fine-tune the dynamic range of transcription factor-based biosensor. Nucleic acids research. 2020, 48(18):10602-10613. (IF=19.160)

  18. Shenghu Zhou, Tingting Hao, Shumin Xu, Yu Deng*. Coenzyme A thioester-mediated carbon chain elongation as a paintbrush to draw colorful chemical compounds. Biotechnology Advances. 2020, 43:107575. (IF=17.681)

  19. Li Wang, Guohui Li, Yu Deng*. Biosynthesis of diamines: research progress and application prospects. Applied and Environmental Microbiology, 2020, 86(23):e01972-20. (IF=5.005)

  20. Lixia Liu, Shenghu Zhou, Yu Deng*. 3-Ketoacyl-CoA thiolase: an engineer enzyme for carbon chain elongation of chemical compounds. Applied Microbiology and Biotechnology. 2020, 104(19):8117-8129. (IF=5.560)

二、专利情况


  1. 邓禹,赵梅,毛银,赵运英,卢伟强,陆春波。一种从发酵液中提取己二酸的方法,ZL201710622975.1,2019/9/3
  2. 邓禹,陆春波,毛银,赵运英。一株乳酸片球菌及其应用,ZL201710585894.9,2019/9/3

  3. 邓禹,陆春波,毛银,赵运英。一株副干酪乳杆菌及其应用,ZL201710585895.3,2019/9/3

  4. 邓禹,邹宗胜,赵运英,毛银。一株植物乳杆菌及其在发酵饲料方面的应用,ZL201710749942.3,2019/11/19

  5. 邓禹,陈娜,张晓娟,毛银。一种构建重组酿酒酵母发酵生产葡萄糖二酸的方法,ZL201710280402.5,2020/9/18

  6. 邓禹,朱康佳,李国辉,毛银,赵运英。一种快速检测大肠杆菌中乙醇酸产量的方法,ZL2018114934151,2020/8/4

  7. 邓禹,马宁,张晓娟,赵运英,毛银。一种提高大肠杆菌中乙醇酸产率的方法,ZL201810105170.4,2021/2/26

  8. 邓禹,赵梅,张熙,黄荻萱,毛银。一种戊二酸的全生物合成的方法,ZL201710512583.X,2021/7/27

  9. 邓禹,李国辉,黄荻萱,毛银,赵运英,周胜虎。一种精确检测发酵液中丁二胺含量的方法,ZL201911179043X,2021/8/18

  10. 邓禹,李国辉,王莉,黄荻萱,毛银,赵运英,周胜虎。一种精确检测发酵液中戊二胺含量的方法,ZL2019111793832,2021/8/18

  11. 邓禹,赵运英,李杰,李国辉,毛银,周胜虎。一种提高酿酒酵母工程菌株合成葡萄糖二酸效率的方法,ZL2019114128234,2021/10/26

  12. 邓禹,徐淑敏,周胜虎,毛银,李国辉,赵运英。一种可反复消除的乙醇酸传感器及其构建方法,ZL2019109725521,2022/1/11

  13. 邓禹,赵运英,李杰,毛银,周胜虎,李国辉。一种提高酿酒酵母工程菌生产葡萄糖二酸的发酵方法,ZL2019114128643,2022/2/8

  14. 邓禹,赵梅,毛银,叶乘锋,张佳南,娜荷芽,汪敏,周宇辰。一种无需诱导剂提高大肠杆菌中乙醇酸产量的方法,ZL202010646581.1,2022/4/15

  15. 邓禹,赵运英,李诗韵,李国辉,毛银,周胜虎。一种丙二酸的全生物合成的方法,ZL2019114208510,2023/5/12

  16. 邓禹,周胜虎,郝婷婷,毛银,赵运英,李国辉。一种氧气响应型生物传感器的构建与应用,ZL2021102263938,2023/6/12

  17. 邓禹,李国辉,鲍青青,支睿,李顺,毛银,赵运英,周胜虎。一种庚二酸的全生物合成方法,ZL2021111356467,2023/8/25

  18. 邓禹,周胜虎,牛晓倩,李国辉,毛银,赵运英。脱氮副球菌氧气诱导型启动子,ZL202111257349X,2023/8/8

  19. 邓禹,李国辉,王杰明,支睿,毛银,赵运英,周胜虎。一种霍氏肠杆菌发酵生产庚二酸的方法,ZL2022103047733,2023/8/25

  20. 邓禹,李国辉,支睿,鲍青青,李顺,毛银,周胜虎,赵运英。一种利用克雷森缩合反应生产庚二酸的全生物合成法,ZL202210251953X,2023/8/25


 

三、承担教学科研项目情况

  1. 国家重点研发计划课题,高精度数学模型建立及途径人工智能设计,项目编号 2022YFA0911801,202211-202710月,经费135万元,子课题负责人;

  2. 江苏省杰出青年基金项目,食品二元羧酸生物传感器理性设计与调控机制研究,项目编号SBK2022010219,20227-20256月,经费150万元,项目主持;

  3. 广西重点研发计划,微生物发酵粕关键技术研究及产业化应用,项目编号:桂科AB22035063,20221-202412月,经费199万元,项目主持;

  4. 天津市合成生物技术创新能力提升行动2020年度科技攻关,己二酸生物合成关键技术研究,项目编号 TSBICIP-KJGG-015-03,20211-202312月,经费80万元,项目主持;

  5. 国家重点研发计划课题,活性污泥底盘细胞的设计及污染物高效降解菌的构建,项目编号 2019YFA0905502,20201-202412月,经费468万元,课题负责人;

  6. 国家自然科学基金-面上项目,平衡大肠杆菌代谢流量分配高效积累乙醇酸,项目编号 21877053,20191-202212月,经费67万元,项目主持;

  7. 2017年江苏省“双创计划”-创新团队,300万元,项目主持。

  8. 国家自然科学基金-青年项目,乙醇酸合成途径基因在大肠杆菌中的模块化协调表达,项目编号 31500070,20161-201812月,经费20万元,项目主持;

  9. 2015年江苏特聘教授项目,50万元,项目主持;

  10. 2016年江苏省“双创人才”高校创新,32万元,项目主持;

  11. 江苏省自然科学基金-青年项目,代谢改造大肠杆菌高效积累乙醇酸的分子机理研究,项目编号BK20150136, 20157-20186月,经费:20万元,项目主持;

  12. 江南大学自主科研-重点项目,代谢改造大肠杆菌高效积累葡萄糖二酸,20171-11.201912月,100万元,项目主持。

  13. 2016年江苏省“六大人才高峰”,8万元,项目主持。

  14. 横向科研,到账超过1000万元,项目主持。

。

 

四、获奖情况(含指导学生获奖)

1. 国家神农青年英才,2023

2. 江苏特聘教授,2015

3. 江苏省“双创人才”,2016

4. 江苏双创团队,2017

5. 江苏省杰出青年获得者,2022

9. 江南大学优秀毕业论文指导教师,2018

6. 全国大学生生命科学创新创业大赛指导教师,2019,2020

7. 无锡市第十二届自然科学优秀学术论文特等奖,2023

8. 无锡市优秀教育工作者,2023

 

以上资料更新时间截止:2023年10

 

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